Hướng dẫn lập và nộp Báo cáo thuế GTGT theo quý: quy trình, đối chiếu và xử lý sai sót 2025

Vì sao doanh nghiệp SME cần một quy trình “khóa sổ thuế GTGT” theo quý?

Thuế giá trị gia tăng (GTGT) là sắc thuế gián thu ảnh hưởng trực tiếp đến dòng tiền doanh nghiệp. Với doanh nghiệp nhỏ và vừa (SME), lập tờ khai thuế GTGT theo quý đúng – đủ – kịp thời giúp tránh phạt chậm nộp, phạt sai sót hóa đơn và đặc biệt là ngăn chặn lệch giữa sổ kế toán và tờ khai thuế. Thực tế, đa số lỗi phát sinh do quy trình thu thập dữ liệu hóa đơn điện tử chưa chuẩn, đối chiếu 511–3331 không chặt, và không soát tính hợp lệ của đầu vào 1331. Bài viết này hướng dẫn chi tiết quy trình lập tờ khai thuế GTGT theo quý (mẫu 01/GTGT), phương pháp đối chiếu dữ liệu, xử lý hóa đơn sai sót, cùng checklist và mẹo giảm rủi ro phạt cho SME.

1.Tổng quan tờ khai thuế GTGT theo quý – doanh nghiệp nào áp dụng, thời hạn nộp

Đối tượng áp dụng: Doanh nghiệp có tổng doanh thu năm trước không vượt ngưỡng theo quy định được kê khai theo quý (doanh nghiệp mới thành lập thường kê khai theo quý trong năm đầu). Khi doanh thu vượt ngưỡng, chuyển sang kê khai theo tháng từ năm sau.
Phương pháp tính thuế:

• Phương pháp khấu trừ: kê khai theo 01/GTGT; được khấu trừ thuế GTGT đầu vào (1331) khi đáp ứng điều kiện.
• Phương pháp trực tiếp: kê khai theo mẫu riêng, không thuộc phạm vi bài này.

Thời hạn nộp hồ sơ và nộp tiền: Chậm nhất là ngày 30 của tháng đầu quý sau (ví dụ quý I nộp trước 30/4). Quá hạn sẽ bị tính tiền chậm nộp và phạt vi phạm hành chính.
Thành phần hồ sơ (trực tuyến qua cổng thuế):

Tờ khai 01/GTGT và phụ lục (nếu phát sinh).
Bảng giải trình, tài liệu đính kèm khi có điều chỉnh/khấu trừ/vãng lai.

2. Chuẩn bị dữ liệu – chốt hóa đơn điện tử và khóa sổ cuối tháng/quý

a. Thu thập hóa đơn điện tử:

–  Đầu ra: xuất danh sách hóa đơn phát hành trong quý (XML, PDF) từ hệ thống hóa đơn điện tử; phân loại theo thuế suất 0%, 5%, 8%, 10% và không chịu thuế (nếu có).
– Đầu vào: tải danh sách hóa đơn mua vào; kiểm tra điều kiện khấu trừ (tên, MST, thuế suất, giá trị, ngày hóa đơn, thanh toán không dùng tiền mặt với hóa đơn từ ngưỡng theo quy định).

b. Khóa sổ kế toán hàng tháng trong quý:

Đối chiếu doanh thu 511 với danh sách hóa đơn đầu ra; thuế GTGT đầu ra 3331.
Tổng hợp thuế GTGT đầu vào 1331 từ hóa đơn hợp lệ; loại hóa đơn sai sót/không đủ điều kiện.

Lưu ý dữ liệu:

Không để thiếu hóa đơn đã phát hành nhưng chưa vào sổ, hoặc hạch toán doanh thu mà chưa phát hành hóa đơn.
Với hàng xuất khẩu, dịch vụ xuất khẩu: lưu hồ sơ hải quan, chứng từ thanh toán qua ngân hàng theo quy định.

3. Quy trình đối chiếu 3 trục 511 – 3331 – hóa đơn điện tử để khóa số liệu đầu ra

Bước 1: Từ hệ thống hóa đơn điện tử, tổng hợp doanh thu theo hóa đơn đã phát hành trong quý theo từng thuế suất.
Bước 2: Từ sổ kế toán, xuất số liệu 511 và 3331 theo kỳ quý (khóa sổ từng tháng và cộng).
Bước 3: So sánh 3 trục:

Tổng doanh thu trên hóa đơn điện tử = doanh thu 511 sau giảm trừ (521).
Thuế GTGT đầu ra theo hóa đơn = số liệu tài khoản 3331.
Kiểm tra hóa đơn bị điều chỉnh/hủy/đổi đã cập nhật vào sổ 511–3331.

Bước 4: Rà soát hóa đơn đặc thù:

Hóa đơn nhiều thuế suất: bóc tách đúng dòng thuế suất.
Hóa đơn chiết khấu, giảm giá: đảm bảo hạch toán giảm trừ doanh thu 521 và điều chỉnh 3331 tương ứng.

Kết quả: Một bảng đối chiếu có chữ ký người lập – người kiểm soát, lưu cùng bộ kê khai.

4. Đối chiếu thuế GTGT đầu vào 1331 – điều kiện khấu trừ và phân nhóm

Điều kiện khấu trừ cơ bản:

Hóa đơn điện tử hợp lệ, hợp pháp, phù hợp hoạt động SXKD; thông tin chính xác (MST, tên, thuế suất).
Thanh toán không dùng tiền mặt đối với hóa đơn đạt ngưỡng theo quy định (trừ trường hợp pháp luật cho phép).
Hàng hóa/dịch vụ đã nhận đủ, có chứng từ kèm theo (biên bản bàn giao, phiếu nhập…).

Phân nhóm kiểm tra:

Nhóm A: hóa đơn đủ điều kiện khấu trừ → đưa vào chỉ tiêu khấu trừ.
Nhóm B: hóa đơn cần bổ sung hồ sơ (hợp đồng, biên bản) → tạm treo, chưa khấu trừ.
Nhóm C: hóa đơn không hợp lệ (sai MST, sai thuế suất, không phục vụ SXKD, thanh toán không đúng) → loại khỏi 1331, hạch toán vào chi phí nếu đáp ứng điều kiện chi phí được trừ thuế TNDN.

Lưu vết:

Danh sách hóa đơn đầu vào có cột “Tình trạng khấu trừ”, “Lý do loại/treo”, “Ngày hoàn thiện”.
Đính kèm XML/PDF vào phần mềm kế toán để truy xuất khi quyết toán.

5. Cách lập tờ khai thuế GTGT mẫu 01/GTGT theo quý – từng chỉ tiêu trọng yếu

Chuẩn bị trước khi nhập tờ khai:

Chốt bảng đối chiếu 511–3331–hóa đơn đầu ra.
Chốt bảng tổng hợp 1331 đủ điều kiện khấu trừ.

Các nhóm chỉ tiêu chính:

Doanh thu, thuế GTGT đầu ra theo từng mức thuế suất (0%, 5%, 8%, 10%): nhập số liệu từ bảng tổng hợp hóa đơn đầu ra.
Hàng hóa dịch vụ không chịu thuế/không phải kê khai: theo quy định, nếu có phát sinh.
Thuế GTGT đầu vào được khấu trừ: tổng hợp từ danh sách hóa đơn đầu vào nhóm A (đủ điều kiện).
Điều chỉnh tăng/giảm kỳ này: do hóa đơn điều chỉnh/hủy của các kỳ; ghi rõ nguyên nhân.
Số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau hoặc số thuế phải nộp: tự động tính theo biểu mẫu.

Kiểm tra trước khi ký số:

Tổng thuế đầu ra – thuế đầu vào = số phải nộp hoặc khấu trừ chuyển kỳ sau.
So sánh với kỳ trước để phát hiện biến động bất thường; có giải trình nếu chênh lệch lớn.

6. Xử lý sai sót hóa đơn điện tử và các tình huống điều chỉnh thường gặp

• Tình huống 1: Sai thuế suất trên hóa đơn đầu ra

Thực hiện: Lập hóa đơn điều chỉnh/hủy/đổi theo quy định hóa đơn điện tử; cập nhật lại 511, 3331; điều chỉnh trên tờ khai tại kỳ phát hiện theo hướng dẫn hiện hành.

• Tình huống 2: Hóa đơn đầu vào sai thông tin người mua/MST

Xử lý: Yêu cầu bên bán lập hóa đơn điều chỉnh; trước khi có điều chỉnh, không đưa vào khấu trừ 1331.

• Tình huống 3: Hóa đơn đầu vào thanh toán tiền mặt vượt ngưỡng

Xử lý: Không khấu trừ 1331; hạch toán toàn bộ vào chi phí (xem xét điều kiện được trừ thuế TNDN).

• Tình huống 4: Hóa đơn bỏ sót kỳ trước mới phát hiện

Đầu ra: điều chỉnh tăng/giảm 511–3331 và kê khai điều chỉnh tại kỳ phát hiện theo quy định.
Đầu vào: nếu đủ điều kiện, kê khai khấu trừ ở kỳ phát hiện trong thời hạn cho phép.

7. Liên kết tờ khai thuế GTGT với báo cáo tài chính – tránh lệch số liệu

Liên kết cần khớp:

Doanh thu theo tờ khai GTGT đầu ra ~ doanh thu 511 (sau giảm trừ) trên Báo cáo kết quả kinh doanh.
Thuế GTGT phải nộp (3331) trên sổ khớp chỉ tiêu tương ứng trên tờ khai.
Thuế GTGT được khấu trừ (1331) khớp tổng hợp hóa đơn đầu vào đủ điều kiện.

Quy tắc thận trọng:

Nếu có chênh lệch do ghi nhận khác kỳ kế toán – thuế, cần thuyết minh và có bảng đối chiếu nội bộ.

8. Checklist 24 mục lập và nộp tờ khai thuế GTGT theo quý

• Đã chốt danh sách hóa đơn điện tử đầu ra theo quý.
• 511 khớp 100% tổng hóa đơn đầu ra (sau giảm trừ).
• 3331 khớp tổng thuế GTGT đầu ra theo hóa đơn.
• Danh sách hóa đơn đầu vào phân loại A/B/C rõ ràng.
• Chỉ nhóm A được đưa vào 1331 để khấu trừ.
• Hóa đơn điều chỉnh/hủy đã cập nhật vào sổ và bảng tổng hợp.
• Không có hóa đơn đầu ra phát hành nhưng chưa hạch toán doanh thu.
• Không có doanh thu ghi nhận nhưng chưa phát hành hóa đơn (trừ trường hợp đặc thù có quy định).
• Thanh toán không dùng tiền mặt đầy đủ cho hóa đơn đầu vào vượt ngưỡng.
• Lưu XML, PDF của toàn bộ hóa đơn trong quý; đính kèm vào phần mềm kế toán.
• Đã đối chiếu sao kê ngân hàng với các khoản thanh toán liên quan đến hóa đơn đầu vào.
• Đã kiểm tra trùng số hóa đơn đầu vào/đầu ra.
• Hóa đơn 0% (xuất khẩu) có hồ sơ hải quan và chứng từ thanh toán qua ngân hàng.
• Đã rà soát hóa đơn đầu vào liên quan tài sản/CCDC/chi phí trả trước để hạch toán đúng 211/242/642.
• Bảng biến động 3331 theo tháng trong quý không có chênh lệch bất thường chưa giải trình.
• So sánh với quý trước; chuẩn bị giải trình chênh lệch lớn.
• Tờ khai 01/GTGT đã nhập đầy đủ chỉ tiêu và kiểm tra logic.
• Đã ký số và nộp tờ khai trước hạn.
• Đã nộp thuế (nếu phải nộp) trước hạn; kiểm tra biên lai.
• Lưu biên nhận nộp tờ khai và giấy nộp tiền bản PDF.
• Cập nhật số phải nộp/khấu trừ vào sổ kế toán (3331/1331).
• Snapshot bộ dữ liệu quý (bảng đối chiếu, danh sách hóa đơn, tờ khai).
• Phân quyền lưu trữ và sao lưu dữ liệu theo quy định nội bộ.
• Lập lịch nhắc việc cho kỳ kê khai kế tiếp.

8. Mẹo tự động hóa giúp giảm 40% thời gian lập tờ khai thuế GTGT

Parser XML hóa đơn điện tử: tự động đọc MST, thuế suất, số tiền; cảnh báo hóa đơn trùng/sai thuế suất; gán vào 511/3331/1331.
Quy tắc đối chiếu tự động 511–3331–01/GTGT: dashboard cảnh báo chênh lệch theo ngày/tuần.
Bank feed: tự động kiểm tra điều kiện thanh toán không dùng tiền mặt cho hóa đơn đầu vào.
Workflow điều chỉnh hóa đơn: mẫu biên bản và quy trình phê duyệt để xử lý sai sót nhanh trong 48 giờ.

9. 7 lỗi thường gặp khi lập tờ khai thuế GTGT và cách khắc phục

511 không khớp tổng hóa đơn đầu ra: nguyên nhân ghi nhận sai kỳ; khắc phục bằng đối chiếu 3 trục và điều chỉnh kỳ.
Kê khai 1331 cho hóa đơn không đủ điều kiện: do thiếu thanh toán không dùng tiền mặt; loại khỏi 1331 và cập nhật chi phí TNDN đúng.
Bỏ sót hóa đơn điều chỉnh/hủy: dẫn tới lệch 3331; cần parser và sổ theo dõi điều chỉnh.
Hóa đơn đầu vào sai MST/thuế suất: yêu cầu điều chỉnh trước khi khấu trừ.
Đưa nhầm giao dịch không chịu thuế vào nhóm chịu thuế hoặc ngược lại: rà soát thuế suất theo hợp đồng/biên bản.
Lệch do tỷ giá với hóa đơn ngoại tệ: sử dụng tỷ giá theo quy định khi hạch toán/khai thuế; thuyết minh nếu chênh lệch trọng yếu.
Nộp trễ hạn: thiết lập lịch nhắc, phân công trách nhiệm, chuẩn hóa quy trình ký số – nộp.

10. Ví dụ thực tế – SME thương mại kê khai thuế GTGT quý

Bối cảnh: Quý I, doanh thu hóa đơn đầu ra 5 tỷ (thuế suất 10% là chủ yếu), thuế đầu ra 500 triệu; đầu vào đủ điều kiện 1331 là 320 triệu.
Thực hiện:

Đối chiếu 511–3331 với hóa đơn điện tử: khớp 5 tỷ – 500 triệu.
Tổng hợp 1331 đủ điều kiện: 320 triệu, loại 20 triệu do thanh toán tiền mặt vượt ngưỡng.
Tờ khai 01/GTGT: thuế phải nộp = 500 – 320 = 180 triệu.
Hạch toán nộp thuế: Nợ 3331/Có 112: 180.000.000; lưu biên lai.

Kết quả: Hồ sơ kê khai đầy đủ; không phát sinh phạt; dữ liệu khớp với sổ kế toán.

Cần bộ quy trình và file mẫu đối chiếu 511–3331–hóa đơn điện tử – 1331 để lập tờ khai thuế GTGT theo quý nhanh, chuẩn và giảm rủi ro phạt? Đăng ký gói hỗ trợ kê khai – đối chiếu thuế tại PPI Việt Nam. Chúng tôi cung cấp checklist, mẫu biên bản điều chỉnh hóa đơn, cấu hình đối chiếu tự động và đào tạo 1:1 cho đội ngũ của bạn.
Nhận tư vấn miễn phí 30 phút: Rà soát nhanh quy trình kê khai hiện tại, phát hiện điểm nghẽn và đề xuất giải pháp tối ưu phù hợp với SME của bạn. Liên hệ ngay hôm nay.

Thông tin liên hệ
PPI VIỆT NAM – CHUYÊN CUNG CẤP DỊCH VỤ KẾ TOÁN VÀ ĐÀO TẠO KẾ TOÁN
TRỤ SỞ CHÍNH HÀ NỘI:
Cơ sở 1 tại Cầu Giấy: Tầng 12 Tòa nhà Eurowindow Multi Complex số 27 Trần Duy Hưng, Trung Hòa, Cầu Giấy – Hà Nội
Cơ sở 3 tại Hà Đông: Tầng Dịch Vụ Tòa A Chung cư sông Nhuệ, P.Kiến Hưng, Hà Đông – Hà Nội
CN NAM ĐỊNH: 106 Nguyễn Khánh Toàn, khu đô thị Bãi Viên, TP.Nam Định
CN HẢI DƯƠNG: 45C Phố An Ninh, P. Quang Trung, TP.Hải Dương
Hotline: 0944 32 5559
Website: https://ketoanppivietnam.vn/
Fanpage: PPI – Giải Pháp Kế Toán Thuế